Без тестов сказать трудно. Возможно у вас был высокий уровень нитратов в воде (не нитритов). При резком изменении количества нитратов рыба может сдохнуть. Наполнитель в вашем случае особой роли не играет: фильтр служит только для механической очистки. А чем вы кормите рыб?